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Bibliographies et références biblio

Bases de données bibliographiques

Les références bibliographiques pourraient être incluses directement dans votre document, mais en général vous les stockez dans un ou plusieurs fichiers externes. Un tel fichier est appelé une base de données bibliographique, contenant les informations dans un format facile à traiter. L’utilisation d’une ou plusieurs bases de données bibliographiques vous permet de réutiliser les informations dans plusieurs documents sans avoir à les ressaisir, et d’éviter le formatage manuel des références.

Les bases de données bibliographiques pour LaTeX sont appelées « fichiers BibTeX » et portent l’extension .bib. Elles contiennent une ou plusieurs entrées, une pour chaque référence, et à l’intérieur de chaque entrée, il y a une série de champs. Voyons un exemple :

@article{Thomas2008,
  author  = {Thomas, Christine M. and Liu, Tianbiao and Hall, Michael B.
             and Darensbourg, Marcetta Y.},
  title   = {Series of Mixed Valent {Fe(II)Fe(I)} Complexes That Model the
             {H(OX)} State of [{FeFe}]Hydrogenase: Redox Properties,
             Density-Functional Theory Investigation, and Reactivity with
             Extrinsic {CO}},
  journal = {Inorg. Chem.},
  year    = {2008},
  volume  = {47},
  number  = {15},
  pages   = {7009-7024},
  doi     = {10.1021/ic800654a},
}

@book{Graham1995,
  author    = {Ronald L. Graham and Donald E. Knuth and Oren Patashnik},
  title     = {Concrete Mathematics},
  publisher = {Addison-Wesley},
  year      = {1995},
}

Nous avons ici une entrée pour un article et d’une autre pour un livre ; ce sont de loin les deux types les plus courants. Chaque type d’entrée dans la base de données commence par un @ et toutes les informations sont ensuite placées entre deux accolades.

Les différents champs dont nous avons besoin sont donnés sous forme de paires clef-valeur, à l’exception de ce que l’on appelle la « clef », c’est-à-dire le nom de la citation. Vous pouvez utiliser ce que vous voulez, car il s’agit d’une simple étiquette, mais nous avons choisi d’utiliser le nom d’un auteur plus l’année : c’est une façon courante de faire.

Les champs à remplir dépendent du type d’entrée, mais la plupart d’entre eux sont assez évidents. Notez bien que dans le champ auteur, chaque nom d’auteur est séparé du suivant par and. C’est essentiel : le format de la sortie doit savoir quel auteur est lequel. Vous remarquerez également que dans le titre de l’article, certaines entrées sont entre accolades, afin d’éviter tout changement de casse.

L’édition manuelle des fichiers .bib est assez fastidieuse, c’est pourquoi la plupart des gens utilisent un éditeur dédié. JabRef est largement utilisé et multiplateforme, mais il existe plusieurs autres interfaces disponibles. Si la référence contient un DOI (Digital Object Identifier), vous pouvez essayer doi2bib pour obtenir facilement l’entrée au format BibTeX. Mais n’oubliez pas de vérifier que l’entrée est correcte et contient toutes les informations que vous souhaitez avoir dans votre base de données!

Pour nos démonstrations, nous utiliserons la courte base de données d’exemple montrée ci-dessus : nous l’avons enregistrée sous le nom de learnnlatex.bib.

Extraire les données de la base bibligraphique

Pour insérer les informations bibliographiques dans votre document LaTeX, il y a trois étapes. Tout d’abord, utilisez LaTeX pour compiler votre document, ce qui crée un fichier avec la liste des références que votre document cite. Ensuite, lancez un programme qui extrait de la base de données bibliographique les entrées que vous utilisez et les met en ordre. Enfin, recompilez votre document afin que LaTeX puisse utiliser ces informations pour insérer les références et les mettre en forme. En général, il faut au moins deux compilations pour résoudre toutes les références.

Pour la deuxième étape, deux systèmes sont largement utilisés : BibTeX et Biber. Biber n’est utilisé qu’avec un package LaTeX appelé biblatex, alors que BibTeX est utilisé soit sans package particulier, soit avec natbib.

Le lancement d’un second outil en plus de LaTeX est géré de différentes façons par les différents éditeurs. Pour les exemples sur learnlatex.org, nous avons écrit des scripts qui s’occupent de tout « en coulisses ». Votre éditeur préféré peut avoir un seul bouton « faire ce qu’il faut », ou bien vous pouvez choisir de lancer BibTeX ou Biber manuellement entre les exécutions de LaTeX.

Le format des citations et des références est indépendant de votre base de données BibTeX, et il est défini par ce que l’on appelle un « style ». Nous verrons qu’ils fonctionnent de façon légèrement différente dans la chaîne de traitement BibTeX et dans biblatex, mais l’idée générale reste la même : on peut choisir la façon dont les citations sont mises en forme.

La chaîne de traitement BibTeX avec natbib

S’il est possible d’insérer des citations dans un document LaTeX sans qu’aucun package ne soit chargé, les possibilités sont assez limitées. Nous utiliserons plutôt le package natbib, qui nous permet de créer différents types de citations et qui propose de nombreux styles.

Voici la structure de base de notre exemple :

\documentclass{article}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{natbib}

\begin{document}
The mathematics showcase is from \citet{Graham1995}, whereas
there is some chemistry in \citet{Thomas2008}.

Some parenthetical citations: \citep{Graham1995}
and then \citep[p.~56]{Thomas2008}.

\citep[See][pp.~45--48]{Graham1995}

Together \citep{Graham1995,Thomas2008}

\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{learnlatex}
\end{document}

Comme vous voyez, on peut citer les entrées de la base de données en donnant simplement leur clef. Le package natbib offre des styles de citation textuelle ou parenthésée, \citet ou \citep, respectivement. Le style de référence est sélectionné par la ligne \bibliographystyle ; ici nous avons utilisé le style plainnat. La bibliographie est finalement insérée par la ligne \bibliography, qui choisit également la ou les bases de données à utiliser ; il s’agit d’une liste de noms de fichiers séparés par des virgules.

Les numéros de pages peuvent être ajoutés à la citation avec un argument optionnel. Si deux arguments facultatifs sont donnés, le premier est placé devant l’étiquette de la citation pour une courte note et le second après l’étiquette, pour une référence de page.

L’exemple ci-dessus utilise le style auteur-année, mais on peut demander des citations numériques. Cela se fait en ajoutant l’option numbers à la ligne chargeant le package natbib.

La chaîne de traitement avec biblatex

Le package biblatex fonctionne légèrement différemment de natbib, car on doit sélectionner les bases de données dans le préambule, puis insérer la bibliographie dans le corps du document. Il y a quelques nouvelles commandes pour cela :

\documentclass{article}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[style=authoryear]{biblatex}
\addbibresource{learnlatex.bib} % file of reference info

\begin{document}
The mathematics showcase is from \autocite{Graham1995}.

Some more complex citations: \parencite{Graham1995} or
\textcite{Thomas2008} or possibly \citetitle{Graham1995}.

\autocite[56]{Thomas2008}

\autocite[See][45-48]{Graham1995}

Together \autocite{Thomas2008,Graham1995}

\printbibliography
\end{document}

Notez que \addbibresource a besoin du nom complet du fichier de la base de données, alors que nous avions omis le .bib pour \bibliography avec natbib. Remarquez aussi que biblatex utilise des noms plus longs pour ses commandes de citation, mais ceux-ci sont du coup plus explicites.

Là encore, de courts textes avant et après la citation peuvent être insérés avec les arguments optionnels. Notez aussi que les numéros de page n’ont pas besoin d’être préfixés par p.~ ou pp.~, car \biblatex s’occupe d’ajouter automatiquement le préfixe approprié.

Dans biblatex, le style des références bibliographiques est choisi au chargement du package. Ici, nous avons utilisé authoryear, mais il y a un style numeric, et beaucoup d’autres.

Choisir entre BibTeX et biblatex

Même si les chaînes de traitement BibTeX et biblatex reçoivent tous deux leurs données depuis des fichiers BibTeX et peuvent produire une sortie globalement similaire dans le document, elles utilisent des moyens complètement différents pour produire ce résultat. Cela signifie qu’il existe des différences entre les deux approches qui peuvent vous aider à choisir celle qui vous convient le mieux.

Dans la chaîne de traitement BibTeX, le style de la bibliographie est déterminé par un fichier .bst (bibliography style) que vous sélectionnez avec la commande \bibliographystyle. Biblatex n’utilise pas de fichiers .bst et a un principe différent. Si vous utilisez un modèle fourni avec un fichier .bst ou si vous recevez un fichier .bst pour votre projet, vous devez utiliser BibTeX et ne pourrez pas utiliser biblatex.

L’approche différente adoptée par biblatex permet que vous modifiiez la sortie de la bibliographie et des commandes de citation directement dans le préambule de votre document en utilisant des commandes LaTeX. Inversement, les modifications des styles .bst de BibTeX nécessitent de travailler sur ces fichiers externes et nécessitent de connaître le langage de programmation BibTeX. D’une manière générale, on dit que biblatex est plus facile à personnaliser que BibTeX.

Dans biblatex, il est généralement plus facile d’implémenter des styles de citation élaborés, avec un plus grand nombre de commandes de citation différentes. Il offre également des fonctionnalités davantage liées au contexte. En gros, cela est moins intéressant pour les styles courants dans les sciences dures, mais devient pertinent pour les styles plus complexes utilisés dans certains domaines des sciences humaines.

BibTeX ne peut trier correctement que des caractères US-ASCII et s’appuie sur des solutions de contournement pour trier les caractères non US-ASCII. Avec Biber, biblatex offre des capacités complètes de tri des caractères Unicode. Ainsi, biblatex est généralement un meilleur choix si vous souhaitez trier votre bibliographie dans un ordre non-ASCII/non-anglais.

La chaîne de traitement BibTeX existe depuis bien plus longtemps que le biblatex, ce qui signifie que de nombreux éditeurs et revues s’attendent à ce que les bibliographies soient générées avec BibTeX. Ces éditeurs ne peuvent pas ou n’acceptent généralement pas les soumissions utilisant biblatex.

Au final : Vérifiez les instructions aux auteurs si vous soumettez à une revue ou à un éditeur. Si vous recevez un fichier .bst, vous devez utiliser la chaîne BibTeX. Si vous souhaitez une bibliographie et un style de citation relativement simples et que vous n’avez besoin que d’un tri basé sur l’US-ASCII anglais, BibTeX devrait suffire. Si par contre vous avez besoin d’un style de citation plus complexe, d’un tri non anglais ou si vous souhaitez un accès plus facile aux fonctions de personnalisation du style de citation et de bibliographie, vous envisagerez plutôt d’utiliser biblatex.

Travaux pratiques

Essayez les exemples natbib et biblatex. Pour natbib, vous devrez exécuter LaTeX, BibTeX, LaTeX, LaTeX ; pour biblatex, c’est LaTeX, Biber, LaTeX. Découvrez comment faire cela dans votre éditeur, ou essayez les automatismes d’Overleaf et LaTeX Online.

Regardez ce qui se passe lorsque vous créez de nouvelles entrées dans la base de données et de nouvelles citations. Ajoutez une citation qui n’est pas dans la base de données et observez comment elle apparaît. Expérimentez avec l’option numeric de natbib et l’option style=numeric de biblatex.

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